東北地理所在大豆基因組解析上取得新進(jìn)展
中國科學(xué)院東北地理與農(nóng)業(yè)生態(tài)研究所馮獻(xiàn)忠研究員課題組聯(lián)合菲沙基因等單位選擇1份東北野生大豆、7份我國代表性栽培種，結(jié)合平均50×的三代測(cè)序和Hi-C測(cè)序，完成組裝了高質(zhì)量大豆參考基因組。組裝的8個(gè)大豆基因組大小范圍為986.1-1001.3Mb，Contig N50=1.4-6.1Mb，BUSCO完整性評(píng)估為96.7%-97.3%；結(jié)合同源注釋、從頭注釋、轉(zhuǎn)錄組輔助注釋，在8個(gè)大豆中注釋得到57286-58392個(gè)基因。
圖1. 8個(gè)測(cè)序大豆品種
基于8個(gè)高質(zhì)量的大豆基因組，研究團(tuán)隊(duì)鑒定到了186-427萬個(gè)SNP，44-92萬個(gè)InDel，11750-25330個(gè)大的InDel，706–3006個(gè)易位事件，200–413個(gè)倒位事件。在野生大豆中鑒定到60個(gè)栽培大豆中缺失或變短的基因，以及野生大豆種質(zhì)缺失或變短但在栽培中存在的185個(gè)基因。
圖2. 8個(gè)測(cè)序大豆品種基因組差異比較
本研究以 “Eight soybean reference genome resources from varying latitudes and agronomic traits” 為標(biāo)題在Scientific Data 上發(fā)表，為大豆結(jié)構(gòu)變異與遺傳育種研究提供了新的參考基因組。此研究受到了國家科技部國家重點(diǎn)研發(fā)項(xiàng)目、中國科學(xué)院重點(diǎn)研究項(xiàng)目及泰山學(xué)者項(xiàng)目專項(xiàng)基金等項(xiàng)目的資助。
附件下載：
吉公網(wǎng)安備22017302000214號(hào)
