東北地理所在Trends in Plant Science發表空間微生物組評述論文
微生物在微觀尺度上彼此之間以及與它們的多細胞宿主之間相互作用，形成復雜的網絡空間模式。以往的技術，包括16S/18S/ITS擴增子測序和宏基因組測序，缺乏同時研究宿主與其眾多定殖微生物之間空間相互作用的能力。這種局限性阻礙了對植物或動物組織內宿主與微生物相互作用的理解。空間宏轉錄組學（SmT）和空間宿主微生物群落測序（SHM-seq）技術是一項最近新興的技術，該技術利用16S rRNA、18S rRNA、ITS和poly-d(T)多模式陣列來同時表征組織中宿主的轉錄組和微生物組。相對于傳統的高通量測序和體內成像技術，該技術能獲取來自宿主的空間轉錄組信息以及植物微結構上相關微生物的分布信息。
目前，團隊已建立該空間宏基因組技術分析體系，相關內容在Trends in Plant Science發表Technology of the Month評述論文。東北地理所項目聘用穆朋為論文第一作者，李向楠研究員為通訊作者。研究得到了中國科學院戰略性先導科技專項（XDA28020400）和國家自然科學基金（32372228）的共同資助。
SmT/ SHM-seq的技術原理及流程
論文信息:
Peng Mu,Weiqiang Li,Lam-Son Phan Tran,Xiangnan Li. (2024),SmT/SHM-seq: simultaneously capturing spatial transcriptome and microbiome information in plants. Trends in Plant Science,29,11:1277-1278.
論文鏈接：
https://doi.org/10.1016/j.tplants.2024.09.010.
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吉公網安備22017302000214號
